Krešimir Filipec rođen je u Zagrebu 1969., gdje je pohađao osnovnu školu i Klasičnu gimnaziju. Nakon odsluženja vojnog roka u Subotici, 1989. upisuje studij jednopredmetne arheologije na Filozofskom fakultetu u Zagrebu, a 1990. upisuje studij jednopredmetne povijesti na istom Fakultetu. Tijekom 1991. i 1992, sudjeluje u domovinskom ratu. Jednopredmetnu arheologiju diplomirao je u siječnju 1995. napisavši diplomski rad pod naslovom „Sisak (Siscia) u ranom srednjem vijeku”. Tijekom studija i nakon diplomiranja sudjelovao je na brojnim arheološkim terenima diljem Hrvatske, a vodio je zaštitna arheološka istraživanja u Kumrovcu na lokalitetu sv. Rok i Đakovu na lokalitetu Župna crkva. Od veljače 1996. zaposlen je kao mlađi asistent na Odsjeku za arheologiju Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu na projektu čiji je voditelj bio prof. dr. Marin Zaninović. Od samog početka uključen je u rad katedre za Opću srednjovjekovnu i nacionalnu arheologiju. Tijekom 1997. boravio je, tijekom zimskog semestra, na Institut für Ur.- und Frühgeschichte der Univesität u Beču. 1998. obranio je magistarski rad pod naslovom „Srednjovjekovno groblje u Đakovu”. 2002. boravio je tijekom zimskog semestra na Institutu za arheologiju Eötvös Loránd University – Faculty of Humanities u Budimpešti. 2002. obranio je doktorsku disertaciju pod naslovom „Naseljenost srednjovjekovne Slavonije prema arheološkim izvorima”. U tom razdoblju sudjelovao je i vodio više zaštitnih arheoloških istraživanja među kojima bi trebalo istaknuti nastavak istraživanja na lokalitetu Đakovo - Župna crkva, Konjščina – Stari grad, Lobor – Majka Božja Gorska i Sv. Marija u Blizni kod Trogira. Od svog zaposlenja na Filozofskom fakultetu uključen je u redovnu nastavu na katedri za Opću srednjovjekovnu i nacionalnu arheologiju. Od 1996. drži terensku nastavu, od 1998. seminare, a od akademske godine 2002./03. predaje sve predmete iz Opće srednjovjekovne arheologije (Germani, Huni, Slaveni i Avari). U zvanje višeg znanstvenog asistenta na katedri za Opću srednjovjekovnu i nacionalnu arheologiju izabran je u veljači 2003., u zvanje docenta u studenom 2003, a u zvanje izvanrednog profesora u studenom 2010. Od 2006. u skladu s novim programima uveo je više novih predmeta na studiju arheologije. Na diplomskom studiju arheologije voditelj je smjera - srednjovjekovna arheologija. Sudjeluje u izvođenju nastave na Doktorskom studiju arheologije i medievistike na Filozofskom fakultetu u Zagrebu. Od 2004. godine voditelj je projekta „Južna Panonija u ranom srednjem vijeku” s vrlo vrijednim rezultatima. Vodio je mnogobrojna arheološka istraživanjima, među kojima valja posebno izdvojiti: Đakovo – Župna crkva, Lobor – Majka Božja Gorska, Belišće – Zagajci te više zaštitnih arheoloških istraživanja na trasi autoceste kroz Slavoniju među kojima bi trebalo istaknuti Stari Perkovci – Debela šuma, Stružani – Bregovi Zoljani – Čemešac I, Josipovac – Selište i Verušed. Na lokalitetu Lobor - Majka Božja Gorska u višegodišnjem kontinuitetu sa studentima i stručnim suradnicima održava Arheološku školu i Školu biološke antropologije. Do sada je objavio više knjiga i znanstvenih radova, prethodnih priopćenja, a s izlaganjima je sudjelovao na više znanstvenih skupova u Hrvatskoj i inozemstvu. Uredio je i recenzirao više knjiga i časopisa. Od siječnja 2004. do lipnja 2005. godine, kao pomoćnik ministra kulture, vodio je Upravu za zaštitu kulturne baštine u Ministarstvu kulture. Od 2009. do rujna 2011. bio je pročelnik Odsjeka za arheologiju, a od 2009. je Predstojnik Katedre za opću srednjovjekovnu i nacionalnu arheologiju. Bavi se ranosrednjovjekovnim razdobljem, posebno hrvatskim ranim srednjim vijekom. Od 2009. stalno živi u Hrvatskom zagorju na obiteljskom poljoprivrednom gospodarstvu. Oženjen je i otac dvoje djece.
