Marko Čupić diplomirao je na Fakultetu elektrotehnike i računarstva u rujnu 2002 na smjeru Računarstva. Nagrađen je nagradom "Josip Lončar" za najboljeg studenta na smjeru 2001. godine. Također je primio nagradu "Stanko Turk" za osobito vrijedan diplomski rad iz polja računarstva, kao i "Brončanu plaketu Josip Lončar" za postignuti uspjeh tijekom studija. Dobio je Rektorovu nagradu kao koautor za rad "Web-orijentirani simulator modela neuronskih mreža s primjerom raspoznavanja novčanica i generatorom uzoraka". U siječnju 2003. postao je član Zavoda za elektroniku, mikroelektroniku, računalne i inteligentne sustave. Član je strukovnih udruženja ACM i IEEE.