Danko Šourek bio je suradnik na projektima: Ivan Krstitelj Ranger: Monografska obrada (MZOS; voditelj: dr. sc. Sanja Cvetnić; 2007.); Slikarstvo i skulptura XVII. i XVIII. stoljeća u kontinentalnoj Hrvatskoj (MZOS; voditelj: dr. sc. Sanja Cvetnić; 2008. – 2013.,); Likovna baština Dubrovačke Republike od XV. do XVIII. stoljeća i svjedočanstva venecijanskih, rimskih i napuljskih utjecaja (Sveučilište u Zagrebu; voditelj: dr. sc. Sanja Cvetnić; 2013. – 2014.); Predložak, original, kopija: hrvatska umjetnička baština od XV. do XIX. stoljeća u doba digitalne revolucije (Sveučilište u Zagrebu; voditelj: dr. sc. Sanja Cvetnić; 2014. – 2015.). Trenutno je suradnik na projektu Visualizing Nationhood: the Schiavoni/Illyrian Confraternities and Colleges in Italy and the Artistic Exchange with South East Europe (15th - 18th c.) (Hrvatska zaklada za znanost; voditelj: dr. sc. Jasenka Gudelj). Tijekom 2006. godine boravio je, u sklopu stipendije Ministarstva znanosti, obrazovanja i sporta Republike Hrvatske u Ljubljani, na Oddelku za umetnostno zgodivinu Filozofske fakultete. Tijekom srpnja 2007. godine Danko Šourek boravio je kao stipendist na Central European University – CEU u Budimpešti u sklopu programa The Birth of Medieval Europe: Interactions of Power Zones and their Cultures in Late Antiquity and Early medieval Italy, a u organizaciji Summer University – Department of Medieval Studies. U fokusu znanstvenoga rada Danka Šoureka teme su baštine vezane za umjetničke dodire sjeverozapadne Hrvatske, Štajerske, Istre, Hrvatskoga primorja, Kranjske, Koruške i Friulija tijekom XVII. i XVIII. stoljeća (ovu temu obrađuje u doktorskoj disertaciji koja je u međuvremenu prilagođena za zasebno izdanje: Altarističke radionice na granici: barokni mramorni oltari u Rijeci i Hrvatskom primorju; izd. Leykam Internacional, Zagreb, 2015.).