Janja Mavrović Mokos rođena je 1983. godine u Čakovcu. Osnovnu školu i gimnaziju završava u Zagrebu, gdje 2002. godine upisuje dvopredmetni studij arheologije i povijesti na Filozofskom fakultetu.
Tijekom 2008. godine diplomirala je na temi ˝Višeglave igle kao element muške nošnje˝ kod mentora dr. sc. Hrvoja Potrebice.
Od 1. 10. 2008. godine zaposlena je kao znanstveni novak na projektu dr. sc. Hrvoja Potrebice ˝Elite brončanog i željeznog doba na prostoru Hrvatske˝ na Odsjeku za arheologiju Filozofskog fakulteta u Zagrebu, na Katedri za prapovijesnu arheologiju.
Iste godine upisuje i poslijediplomski doktorski studij.
Tijekom studija i kasnije kao diplomirani arheolog sudjeluje na brojnim sustavnim i zaštitinim arheološkim istraživanjima. Neka od njih su Kaptol, Sv. Križ, Budinjak, Drenje, Virovitica – Kiškorija sjever, Ilok – Dvor knezova iločkih, Kaznica – Rutak, Čepinski Martinci – Dubrava. U nastavi sudjeluje u kolegijima vezanim za brončano doba.
Od 2013. godine sudjeluje u međunarodnom projektu ENTRANS (Encounters and transformations in Iron Age Europe), čiji je voditelj hrvatskog projekta dr. sc. Hrvoje Potrebica. Od 2015. godine sudjeluje na Istraživačkom projektu Hrvatske zaklade za znanost ˝Pogrebni običaji starijeg željeznog doba u južnoj Panoniji – raskrižja identiteta˝, čiji je voditelj također dr. sc. Hrvoje Potrebica. Od 2016. godine sudjeluje na projektu ˝IRON-AGE-DANUBE - MONUMENTALIZED EARLY IRON AGE LANDSCAPES IN THE DANUBE RIVER BASIN˝ kao članica Centra za prapovijesna istraživanja koji je pridruženi član projekta..
U rujnu 2014. godine obranila je doktorsku disertaciju pod nazivom ˝Početak srednjega brončanoga doba na prostoru zapadne Slavonije – geneza i utjecaji˝ pod mentorstvom dr. sc. Hrvoja Potrebice. Nakon obrane doktorata, iste je godine izabrana u zvanje poslijedoktorandice, a 2017. godine je izabrana u znanstveno zvanje znanstvenog suradnika.
Od 2009. godine voditeljica je arheoloških istraživanja na lokalitetu srednjega brončanoga doba Alilovci Lipje u Požeškoj kotlini, od 2016. vodi istraživanja na stariježeljeznodobnom lokalitetu Draganić – Ilijina glavica u blizini Jastrebarskog te od 2019. preuzima istraživanja na još jednom stariježeljeznodobnom lokalitetu Sveti Križ kod Zaprešića.
Od 1.02.2021. godine voditeljica je Uspostavnog istraživačkog projekta financiranog od strane Hrvatske zaklada za znanost, pod nazivom ˝Transferno područje od Sutle preko srednjeg toka Save tijekom brončanog i željeznog doba˝ - TRANS RIVERS.
