Petra Nikšić rođena je 1986. god. u Zagrebu, gdje je završila osnovnu školu i jezičnu gimnaziju. Preddiplomski studij arheologije završila je 2008. god. na Odsjeku za arheologiju Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, gdje je 2012. god. završila diplomski studij antičke arheologije. Od 2015. do 2016. god. zaposlena je na radnom mjestu kustosa pripravnika u Arheološkom muzeju Zadar, na Odjelu za kasni srednji i novi vijek. Stučni ispit za muzejsko zvanje kustosa položila je 2016. god. Koautorica je izložbe „Renesansa na Papinoj poljani“ iz 2017. god.
Kao studentica, djelatnica Arheološkog muzeja Zadar, vanjska suradnica Odsjeka za arheologiju Filozofskog fakulteta u Zagrebu i suradnica Arheo plana d.o.o. sudjelovala je u dvadesetak kampanja terenskih istraživanja (Vučedol, Korce Basin Survey Project, Bapska - Gradac, Gardun, Lobor - Majka Božja Gorska, Bilice - Dedića punta, Slunj - Stari grad, Caska - Sv. Juraj, Udbina - Katedrala sv. Jakova, projekt „Kule i utvrde Ravnih kotara“, itd.).
Od 2019. god. zaposlena je kao doktorandica na projektu prof. dr. sc. Krešimira Filipca „Lobor – ranosrednjovjekovno središte moći“ financiranom od strane Hrvatske zaklade za znanosti (IP-2016-06-6622). Njezin istraživački interes obuhvaća kasnoantičku i rano-srednjovjekovnu arheologiju te kasnoantičku keramiku. Sudjeluje u realizaciji terenske nastave Katedre za opću srednjovjekovnu i nacionalnu arheologiju.