Krešimir Filipec rođen je 1969. u Zagrebu gdje je završio osnovnu i Klasičnu gimnaziju. Godine 1988. upisuje studij jednopredmetne arheologije, a 1990. studij jednopredmetne povijesti na Filozofskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu na kojemu je diplomirao arheologiju 1995. Kao pripadnik Oružanih snaga Republike Hrvatske bio je u borbenom sektoru na Banovinskoj bojišnici 1991. i 1992. Od 1996. zaposlen je kao asistent na Odsjeku za arheologiju Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu na Katedri za opću srednjovjekovnu i nacionalnu arheologiju. Na Filozofskom fakultetu je magistrirao (1998.) i doktorirao (2002.). Godine 2004. izabran je u znanstveno-nastavno zvanje docenta, 2010. u zvanje izvanrednog profesora, 2017. u zvanje redovitog profesora, a od 2022.u zvanje redovitog profesora u trajnom zvanju na Katedri za opću srednjovjekovnu i nacionalnu arheologiju . . Vodio je mnogobrojna zaštitna arheološka istraživanja diljem Hrvatske, kao i više stručnih te domaćih i međunarodnih znanstveno-istraživačkih projekata. Nositelj je svih kolegija vezanih uz kasnu antiku, seobu naroda, opću srednjovjekovnu, kasnosrednjovjekovnu i novovjekovnu arheologiju te arheologiju suvremenog doba na preddiplomskom, diplomskom i poslijediplomskom studiju Odsjeka za arheologiju Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Sudjeluje u izvođenju nastave na poslijediplomskom doktorskom studiju predmoderne povijesti na Odsjeku za povijest Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Predaje ranosrednjovjekovnu arheologiju na Katedri za arheologiju na Odsjeku za historiju Filozofskog fakulteta Univerziteta u Sarajevu. Do sada je objavio više knjiga i desetke stručnih i znanstvenih radova. Kao pomoćnik ministra kulture vodio je Upravu za zaštitu kulturne baštine u Ministarstvu kulture Republike Hrvatske 2004. i 2005. Bio je član Savjeta Hrvatskog centra za razminiranje i Savjeta za obnovu grada Vukovara od 2004. do 2005. Od 2012. predsjednik je Centra za ranosrednjovjekovno istraživanja Zagreb-Lobor. Od 2009. do 2011. bio je pročelnik Odsjeka za arheologiju Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, od 2009. do 2019. bio je predstojnik Katedre za opću srednjovjekovnu i nacionalnu arheologiju na Odsjeku za arheologiju Filozofskog fakulteta u Zagrebu, od 2012. do 2016. bio je predsjednik Upravnog vijeća Muzeja hrvatskih arheoloških spomenika u Splitu, a od 2019. predstojnik je Arheološkog zavoda Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Predstojnik je Katedre za opću srednjovjekovnu i nacionalnu arheologiju na Odsjeku za arheologiju Filozofskog fakulteta u Zagrebu od 2022.

voditelj znanstveno-istraživačkog projekta MZOŠ-a: Južna Panonija u 9. i 10 stoljeću 2004. - 2008.
voditelj znanstveno-istraživačkog projekta MZOŠ-a: Južna Panonija u ranom srednjem vijeku 2008. - 2012.
suvoditelj je znanstveno-istraživačkog projekta: Etnokulturni i državotvorni procesi u ukrajinskom Prikarpaću i sjevernoj Hrvatskoj u drugoj polovici I. tis. n. e., Sveučilište u Zagrebu, Filozofski fakultet i Lviv Ivan Franko State University, Department of Archaeology, Lviv. 2011.-2014.
voditelj znanstveno-istraživačkog projekta HRZZ-a: Lobor - ranosrednjovjekovno središte moći 2017.- 2021.
voditelj znanstvenih istraživanja na lokalitetu Lobor, Majka Božja Gorska od 1998. -
voditelj Arheološke i bioarheološke škole u Loboru od 2011. -
voditelj znanstveno-istraživačkog projekta HRZZ-a: Terra nullius - na granici i iza granice od 8. do 12. stoljeća (TerraNullBord, IP-2022-10-9121) od 2023. -